Fundado por los Reyes Católicos como Hospital Real de la Caridad en 1487 y gestionado por una Hermandad de Caridad.

Desde 1680 hasta 1840 será la orden de San Juan de Dios la responsable del hospital, después pasó a manos de la Junta Municipal de Beneficencia. Tenía una capacidad entonces de 300 enfermos.

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Desde 1857 lo gestionaron las Hijas de la Caridad y en 1860 ya dependió de la Diputación provincial de Málaga hasta 1988.
En 1872 se realiza un edificio de estilo francés, con seis pabellones y capacidad para 475 enfermos, divididos por sexos y por secciones de medicina y cirugía.
En 1934, fue el Hospital Civil Provincial de Málaga y en 1940 Hospital Provincial de San Juan de Dios, actualmente es más conocido como el Hospital Civil de Málaga. Se ponen en marcha anexos al mismo: en 1898 un manicomio, en 1899 un pabellón de leprosos, y en 1910 un pabellón de infecciosos.